与大多数其他多糖凝胶相比，藻酸盐凝胶可以在恒温下形成和凝固。这种不一样的特性在涉及脆弱材料（例如对较高温度的耐受性较低的细胞或组织）的应用中特别有用。在二价阳离子如 Ca2+、Ba2+ 或 Sr2+ 存在下，藻酸盐凝胶会立即形成，酸性凝胶也可能在低 pH 值下形成。当二价阳离子参与聚合物链中古洛糖醛酸嵌段（G-嵌段）之间的链间离子结合时，就会发生凝胶化，从而形成三维网络。G 块之间的这种结合区域通常被称为“蛋盒"，因此具有高含量 G 块的藻酸盐会产生更强的凝胶。由富含 M 的藻酸盐制成的凝胶更柔软、更脆弱，并且孔隙率也可能更低。这是由于聚合物链之间的结合强度较低以及分子的灵活性较高。胶凝过程高度依赖于胶凝离子扩散到聚合物网络中，并且基本上有两种主要的藻酸盐凝胶制备方法：透析/扩散法和内部胶凝法。在透析/扩散方法（扩散设置）中，胶凝离子被允许扩散到藻酸盐溶液中。该方法经常用于生物技术中将活细胞固定在藻酸盐凝胶中。然而，藻酸盐溶液也可以通过内部凝胶化方法/内部凝固，即原位凝胶化来固化。这里，溶解度有限的钙盐或络合的 Ca2+-离子与藻酸盐溶液混合，钙离子通常通过缓慢作用的酸（如 D-葡萄糖酸-δ-内酯 (GDL)）产生酸性 pH 值而释放到藻酸盐溶液中。如果目的是创建均质、非协同的藻酸盐大凝胶以填充给定容器的空间，则选择此方法。内部凝固和扩散凝固之间的主要区别在于胶凝动力学。因此，凝胶网络也会不同。

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扩散胶凝的特点是胶凝离子（例如Ca2+）快速扩散到聚合物网络中。这种高速设置确实用于固定目的，其中每个液滴和藻酸盐溶液形成一个捕获活性剂/生物材料的单个凝胶珠。扩散胶凝的一个重要特征是，随着藻酸盐浓度向凝胶中心逐渐降低，最终的凝胶可能表现出不均匀的藻酸盐分布。扩散凝胶的均匀性可以部分控制。通过在不存在非胶凝离子的情况下使用低浓度的胶凝离子来获得高度的不均匀性。当在高浓度的胶凝离子和非胶凝离子存在下发生胶凝时，获得更均匀的凝胶。

内部胶凝是基于将非活性形式的交联离子 (Ca2+) 添加到藻酸盐溶液中。控制释放通常通过改变pH值或通过钙盐源的有限溶解度来维持。